感染科独立设置于1979年，2009年6月被确定为淳安县医学重点学科，目前是我县传染病和公共卫生事件的诊断、治疗与教学、科研中心。

感染科是一支技术精湛、服务优质的团队，多人多次赴浙一医院、市六医院、上海市公共卫生中心、浙江省人民医院感染科进修学习。2020年承担了医院隔离病房、发热门诊的诊疗工作，并派出2名医护人员参加援鄂医疗队，2022年作为新冠病毒感染患者救治的主要科室，为新冠救治工作作出重大贡献，获得了多项荣誉。如余威勇获杭州市劳动模范，发热门诊获淳安县工人先锋号等。目前承担省级中医课题一项，2023年省级继教班1项。

感染科主要收治各种类型的肺结核及其并发症、合并症，各种原因的腹泻，病毒性肝炎，脂肪肝、肝功能异常原因待查和不明原因发热的鉴别，各种传染病的诊断和治疗，尤其擅长各类结核的排除鉴别，肝功能异常的鉴别，耐药慢性肝炎的诊治，发热待查与各种重症传染病的诊断与治疗。